يتكون المعهد العالى للصحة العامة من عشرة أقسام ويمنح درجات الدبلوم والماجستير والدكتوراة في الصحة العامة للأطباء وعلوم الصحة العامة لغير الأطباء:

1-      قسم الوبائيات

2-      قسم الأحصاءات الحيوية

3-      قسم صحة المناطق الحارة والطفيليات:

4-      قسم الأحياء الدقيقة

5-      قسم الصحة المهنية وطب الصناعات

6-      قسم صحة البيئة

7-      قسم التغذيـة ويشمل تخصصات:

أ- التغذيــــــــة                                  ب- تحليل الأغذيــــة

8-      قسم الإدارة الصحية والعلوم السلوكية ويشمل تخصصات:

أ- الإدارة والتخطيط والسياسة الصحية           ب- إدارة المستشفيات

ج- التثقيف الصحى والعلوم السلوكية

9-      قسم صحة الأسرة ويشمل تخصصات:

أ-صحة الأم والطفل                               ب- الصحة المدرسية وصحة المراهق

ج- الصحة النفسيــــــة                           د- صحة المسنين

      هـ- تمريض الصحة العامـة

10- قسم الرعاية الصحية الأولية