يتكون المعهد العالى للصحة العامة من تسعة أقسام ويمنح درجات الدبلوم والماجستير والدكتوراة في الصحة العامة للأطباء وعلوم الصحة العامة لغير الأطباء:

1-      قسم الوبائيات.

2-      قسم الأحصاءات الحيوية.

3-      قسم صحة المناطق الحارة ويشمل تخصصات:

أ- الطفيليات والحشرات الطبية.                             ب- صحة المناطق الحارة.

ج- مقاومة ناقلات الأمراض ومخاطر المبيدات.       د- الرعاية الصحية الأولية.

4-      قسم الأحياء الدقيقة.

5-      قسم الصحة المهنية وتلوث الهواء ويشمل تخصصات:

أ- الصحة المهنية وطب الصناعات.                 ب- صحة بيئة العمــل وتلوث الهواء.

6-      قسم صحة البيئة ويشمل تخصصات:

أ- كيمياء وبيولوجيا البيئة.                        ب- هندسة البيئــــة.

ج- صحة البيئـــــة.

7-      قسم التغذيـة ويشمل تخصصات:

أ- التغذيــــــــة.                                  ب- صحة الأغذية والرقابة الغذائية.

ج- تحليل الأغذيــــة.

8-      قسم الإدارة الصحية والعلوم السلوكية ويشمل تخصصات :

أ- الإدارة والتخطيط والسياسة الصحية.            ب- إدارة المستشفيات.

ج- التثقيف الصحى والعلوم السلوكية.

9-      قسم صحة الأسرة ويشمل تخصصات :

أ-صحة الأم والطفل.                               ب- الصحة المدرسية وصحةالمراهق.

ج- الصحة النفسيــــــة.                           د- صحة المسنين.

هـ- تمريض الصحة العامـة.