تأسس القسم منذ تأسيس المعهد فى العام 1956، ويعتبر من الأقدم والأكثر تمييزا فى مجال الادارة الصحية وبرامج تعزيز الصحة فى مصر. وللقسم دور رائد فى تقديم أوراق البحث فى السياسات ونظم الادارة والتخطيط  الصحى ونماذج تعديل السلوك الصحي و تعزيز الصحة  للمنطقة العربية منذ ذلك التاريخ  

ويعد القسم منذ نشأته فى طليعة مراكز البحث التى تقدم البرامج الأكاديمية والتدريب للقيادات والتنفيذيين فى مجال الصحة محليا وفى المنطقة العربية لما يضم من أكاديميين لهم باع طويل من الخبرة والأبحاث فى مجال النظم الصحية فى مصر والعالم العربى