أنشئ المعهد العالي للصحة العامة سنة 1956 م بدعم من منظمة الصحة العالمية ليكون وحدة دراسة وبحث ويمنح درجة الماجستير والدكتوراة في فروع الصحة العامة المختلفة على أن تقرها جامعة الإسكندرية؛ إذ كان المعهد تابعًا لوزارة الصحة وله ميزانيته المستقلة والملحقة بميزانية الوزارة، وكان للمعهد مجلس أعلى يرأسه وزير الصحة ومجلس إدارة أعضائه رؤساء أقسام المعهد، ويرأسه مدير المعهد.
وفي عام 1963 انتقلت تبعية المعهد لجامعة الإسكندرية. وهو يعد صرحا صحيًا شامخًا في الشرق الأوسط يستقبل الدارسين من داخل مصر وخارجها، وقد وفد على المعهد للدراسة طلاب من ليبريا غربًا إلى أفغانستان شرقًا إضافة إلى أبناء البلاد العربية.
ومن الهيئات التي قدمت الكثير من العون للمعهد: منظمة الصحة العالمية،وصندوق هيئة إغاثة الطفولة الدولي، وكذلك الوحدة البحرية الأمريكية. وكان العون على صورة إمكانات بشرية وتجهيزات.
وكان للمعهد دور مهم في التكامل بين مصر والسودان عن طريق التبادل المزدوج للعلماء والباحثين وأعضاء هيئة التدريس بقسم الصحة العامة بجامعة الخرطوم، وتوفد الحكومة السودانية كل عام دارسين من مختلف التخصصات؛ للحصول على درجات علمية في الصحة العامة من المعهد، وكانت أول درجة دكتوراه تحصل عليها ممرضة سودانية كانت من المعهد.
وصدر أول عدد من مجلة المعهد 1970م ولا تزال تقوم بأداء رسالتها العلمية وتنشر كثيرًا من الأبحاث العلمية في مختلف مجالات الصحة العامة وعلومها، وكان من النتائج المشرفة التى ترتبت على التزام المجلة في التحكيم العلمي للمقالات والدقة في سلامة اللغة- أن قامت منظمة الصحة العالمية بإدراجها ضمن قاعدة البيانات المختصة بالفهرس الطبي لمنطقة شرق المتوسط.